Innerhalb der Fraktion werden Arbeitskreise gebildet. Als Fachgremien für die Fraktionsarbeit orientieren sie sich in der Aufgabenverteilung an den Sachgebieten der Ausschüsse des Schleswig-Holsteinischen Landtages. Zusätzlich gibt es in der CDU-Fraktion hauptberufliche Referenten für die einzelnen Themenbereiche, die die Abgeordneten mit Informationen unterstützen. Von den Fraktionsarbeitskreisen wird der entsprechende Politikbereich begleitet. Darüber hinaus spricht das Gremium eine Empfehlung für wichtige anstehende Entscheidungen aus, über die in den Fraktionssitzungen abschließend entschieden wird. Die CDU-Fraktion hat acht Arbeitskreise, ergänzend die Arbeitsgruppe Sport:

• Agrar- und Umweltarbeitskreis
• Bildungsarbeitskreis
• Finanzarbeitskreis
• Innen-und Rechtsarbeitskreis
• Europa-Arbeitskreis
• Sozialarbeitskreis
• Wirtschafts-, Tourismus- und Verkehrsarbeitskreis
• Medienarbeitskreis
• Sport